Из-за неудачного использования Скипетра Времени Черепашки оказываются в прошлом — в Токио шестнадцать лет назад. Там они встречают молодого Хамато Йоши и Ороку Саки в разгар их борьбы за сердце Танг Шен. Они становятся свидетелями ключевых событий: трагического предательства, похищения младенца Миуи и зарождения будущей Караи. Это путешествие заставляет Черепашек глубже понять своих наставников и осознать, как прошлое сформировало их настоящее.