Донателло завершает работу над новой партией ретро-мутагена в надежде спасти Караи. Черепашки вместе с Эйприл и Кейси отправляются на её поиски. Однако на их след выходят Зек и Стеренко, которых Шреддер превратил в новых мутантов — борова Бибопа и носорога Рокстеди. Теперь они охотятся за Караи по приказу Шреддера. Начинается опасное противостояние между героями и новыми врагами, чьи силы значительно возросли после мутации.