Шреддер, жаждущий мести за превращение Караи, объединяется с Крэнгами. В результате на Землю начинается полномасштабное вторжение. Нью-Йорк погружается в хаос, улицы заполнены мутантами и роботами Крэнгов. В команде Черепашек назревает конфликт: Лео и Донни расходятся во мнениях по поводу стратегии борьбы с врагом.