В городе появляется новый злодей, обладающий способностью управлять крысами. Он называет себя Крысолов и начинает терроризировать город, захватив разум Сплинтера. Черепашки-ниндзя отправляются на опасное задание, чтобы остановить Крысолова и спасти своего учителя от его психического влияния.