Черепашки пытаются выследить похитителей и вызволить О’Нилов. На этом пути им предстоит сразиться с безжалостной уличной бандой и мутировавшим монстром. Их действия привлекают внимание старого врага Сплинтера — Шреддера, который решает завершить давнюю вражду и уничтожить Хамато Йоши и его учеников.